Ich hatte Ende November 2010 schon einmal zum Thema geschrieben, damals noch recht umständlich über die direkte Installation der zwischenzeitlich aus guten Gründen aus den Debian/Ubuntu-Repositories geflogenen Monkeys Audio Pakete.

Es geht auch ganz einfach und schmerzfrei mit ffmpeg:

ffmpeg -i Ausgangsdatei.ape Zieldatei.flac

ffmpeg sollte, so hofft man, in allen Distributionen im Jahre 2013 flac und ape Support mitbringen.